ACTUALIZACIÓN: Microsoft ha habilitado el POP3 en Hotmail, con lo que ya no es necesario instalar ninguna extensión.
Para poder usar una cuenta de hotmail en Mozilla Thunderbird, necesitamos descargar dos extensiones: Webmail y Hotmail. Tenemos las dos aquí.
Primero hay que instalar la de Webmail y luego la de Hotmail.
Una vez instaladas las extensiones, solo tienes que abrir el thunderbird e ir a Herramientas, Configuración de las cuentas, añadir cuenta. Seleccionas la opción Webmail (está opción no aparece hasta que no instalas la extensión Webmail). Indicas tu nombre y tu dirección de correo y le das a siguiente.
Como nombre de usuario entrante debes indicar tu dirección de correo completa (p.e. tucuenta@hotmail.com), le das a siguiente y a finalizar, y ya tendrás tu cuenta creada. Una vez creada, vete a Herramientas, Configuración de las cuentas y accede a la configuración del servidor de tu cuenta. Asegurate que tienes las propiedades como en la imagen: